麻薬取締官は、厚生労働大臣の指揮監督を受けて、下記の法律（薬物関連5法及び医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（指定薬物に係る部分に限る。））に違反する罪、刑法2編第14章『阿片煙に関する罪』の他、麻薬、あへん若しくは覚醒剤の中毒により犯された罪について、刑事訴訟法に基づく特別司法警察員としての職務を行っています。（麻薬及び向精神薬取締法第54条第5項）
また、都道府県警察、税関、海上保安庁等の関係機関と協力して、国外から密輸される薬物の押収に努めるとともに、『麻薬特例法』を適用した薬物犯罪収益の没収や、泳がせ捜査による犯罪組織の首謀者の逮捕などを図っています。更に、麻薬取締官の専門性を活かして、医療関係者による薬物の不正流出・使用事犯やインターネットを利用した広域犯罪についても積極的に捜査を実施しています。